Il fatto che tu non sappia cosa siano i permessi di root e cosa significa rootare il telefono già ti fa capire che non è un tuo problema in quanto, per ora, non è una cosa che vuoi fare e se in futuro deciderai di farlo stai tranquillo che anche con questa versione (4.0.2.A.0.62) sarà possibile.
Se vuoi sapere cosa sono e a cosa servono i permessi di root in android basta dare un occhio alle infinite pagine presenti a riguardo cercando in google, li troverai molte spiegazioni più esaurienti di quante te ne possa dare io.
Tranquillo però che, per un utilizzo "normale" del telefono non è assolutamente necessario averli.
Per ciò che riguarda l'aggiornamento io l'ho fatto con il mio Arc S, tendenzialmente aggiorno sempre il telefono quando c'è qualcosa ufficiale sony ericsson disponibile, ad oggi non mi pare abbia portato problemi nei device.